Die Existenz einer Kirche im Burgwardium Niemegk wird erstmals in einer Urkunde aus dem Jahr 1161 belegt. 1427 wurde sie bereits als "Sancti Johannis czu mymig" bezeichnet. Der damalige Bau bestand größtenteils aus unbehauenen Feldsteinen und gebrannten Ziegeln. Die Chronik von Niemegk berichtet, dass sich an der westlichen Seite ein aus Feldsteinen errichteter Turm erhob, der mit drei Glocken bestückt war. Dieses Gotteshaus fiel 1547 mitsamt dem gegenüber befindlichen Rathaus infolge kriegerischer Auseinandersetzungen den Flammen zum Opfer.
Erst 1575 konnte mit dem Wiederaufbau begonnen werden. Weitere 18 Jahre vergingen, bis die Kirche wieder völlig hergerichtet war. Während des Dreißgjährigen Krieges wurde das Gotteshaus 1644 abermals eingeäschert. Mit der Kirche brannten damals 45 Wohnhäuser mitsamt den dazu gehörigen Stallungen nieder. 1648 ging die Niemegker Gemeinde abermals den Neubau ihrer Kirche an, der 1678 vollendet wurde. Die damalige Turmanlage erhielt der Zeit entsprechend zwei Spitzen. Auf dem breiten rechteckigen Grundbau des Turmes erhoben sich zwei Hauben mit glockenähnlichen Dächern.
Am Abend des 27. August 1850 versetzte die Sturmglocke die Einwohner erneut in Angst und Schrecken. Ein Großfeuer legte vier Gehöfte und die Kirche in Schutt und Asche. St. Johannis wurde abermals ein Raub der Flammen. Nur die nackten Mauern blieben erhalten. Aus den Trümmern konnte noch eine zinnerne Taufschale mit der Jahresahl 1648 geborgen werden. Um den Gottesdienst aufrecht zu erhalten ließ man im Rathaus eine Wand entfernen, damit sich die Gemeinde dort versammeln konnte. Das ausgefallene Glockengläut wurde morgens, mittags und abends durch ein Hornsignal vom Rathaus aus ersetzt.
Am 1. Oktober 1851 begann der Wiederaufbau der St. Johannis Kirche. Das Gotteshaus wurde nach einer Zeichnung von August Stüler, der ein Schüler von Baumeister Schinkel war, errichtet. Die Baukosten bezifferten sich auf 24.000 Thaler. Am 10. November 1853 wurde die Kirche eingeweiht.
Als in den letzten Tagen des Zweiten Weltkrieges die Stadt unter dem Feuer sowjetischer Geschütze und Raketenwerfer lag, wurde die Kirche vielfach getroffen, sogar die Turmspitze wurde abgeschossen. Nach Kriegsende ging die Gemeinde an die Aufräumungsarbeiten, sodass am 20. Mai 1945 wieder ein Festgottesdienst gehalten werden konnte. Das Kirchengebäude mit dem Turm war jedoch erst im November 1946 wieder hergestellt.

(Quelle: Infotafel vor der Kirche)